Анализ изменчивости генома вируса SARS-CoV-2 при адаптации к организму человека за последние 8 месяцев показывают, что самым существенным устойчивым изменением в геноме вируса SARS-CoV-2 является появление двух единичных мутаций - в гене ORF1b (P314L) и гене S (D614G), в результате чего к настоящему времени подавляющее большинство (более 93%) выявляемых изолятов этого вируса имеет данную пару замен. Мутация в гене S (D614G) многими исследователями ассоциируется со снижением патогенности содержащих ее штаммов, что, однако, может быть объяснено и улучшением лечения больных в течение пандемии. Влияние мутации в гене ORF1b (P314L) еще не изучено. Общее число мутаций, которые в совокупности выявлены в секвенированных геномах вируса SARS-CoV-2, составляет многие тысячи, однако только единичные из них зафиксировались и стабильно наследуются. В настоящее время насчитывается около 22 таких единичных мутаций. Стоит отметить, что эти мутации произошли в январе - марте 2020 год, а позже этих сроков в геноме вируса не выявлены мутации, получившие широкое распространение.

На ранних этапах развития пандемии COVID-19 в геноме вируса SARS-CoV-2 стабильно зафиксировались три основные группы мутаций, сформировавшие, соответственно, три ветви эволюционного развития. Развитие этих эволюционных направлений (трех кластеров) замедляется к концу марта 2020 года, когда в основном начинают обнаруживаться варианты штаммов вируса с мутацией в гене ORF1b (P314L) и гене S (D614G). Первые варианты вируса с этими двумя мутациями выявлены в конце января на территории Китая и далее - в Австралии, а в феврале эти варианты обнаружены уже в большинстве стран Западной Европы, Саудовской Аравии, США, Канаде, Мексике, Бразилии, Марокко и Сенегале. В дальнейшем этот геновариант вируса SARS-CoV-2 стремительно распространился почти по всем странам мира.

Мутации P314L и D614G тесно связаны и только их совместное присутствие в геноме дало преимущество для повсеместного распространения такого геноварианта вируса SARS-CoV-2. Наличие каждой из этих мутаций в отдельности (D614G в отсутствие P314L, или наоборот) не зависимо от сочетания других присутствующих единичных замен не позволило получить распространения таким геновариантам вируса. Стремительное распространение новых геновариантов привело к тому, что геномы штаммов вируса SARS-CoV-2, не содержащих мутации D614G и P314L, уже к апрелю 2020 года встречались на территории многих регионов только в 25 % случаев.

На территории России также наблюдается наличие вариантов штаммов вируса с данной парой мутацией в большинстве представленных геномов (около 99 %). Детальное сравнение геномов вируса SARS-CoV-2 на территории России и зарубежных стран подтверждает, что именно варианты штаммов вируса SARS-CoV-2 циркулирующие на территории Западной Европы, которые в большинстве своем уже имели мутацию P314L (ген ORF1b) и D614G (ген S), в марте и апреле 2020 года были массово завезены в Россию.

На основе обобщения эпидемиологических данных с марта 2020 года в большинстве стран мира наблюдается устойчивая тенденция к росту ежедневного числа регистрируемых больных на фоне распространения новых геновариантов вируса с 16 % в начале марта до 97% в конце июня, что косвенно подтверждает наличие более высокого потенциала к передаче вируса от человека к человеку. При этом с третьей декады апреля 2020 года в мире наблюдается снижение летальности от COVID-19 с 7,2 % до 3,2 %. Снижение летальности в глобальном масштабе может отражать не только прогресс в методах лечения, но и вероятное ослабление вирулентных свойств. Наблюдаемое увеличение потенциала распространения на фоне признаков снижения вирулентности, вероятно, является основной формой адаптации нового коронавируса к человеческой популяции и, по-видимому, будет продолжаться в дальнейшем в виде интеграции SARS-CoV-2 в структуру сезонных возбудителей ОРВИ*/

----------------------------------

*Публикация подготовлена по материалам препринта ФКУЗ РосНИПЧИ "Микроб" https://covid19-preprints.microbe.ru/article/55, https://doi.org/10.21055/preprints-3111751